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    海南大学罗杰教授团队构建棕榈科多组学综合分析数据库,助力棕榈科物种遗传育种研究
    2022年10月25日 19:46

近日,入驻海南大学三亚南繁研究院、海南省崖州湾种子实验室的热带作物学院罗杰教授团队利用椰子、油棕等榈科植物的多维度组学数据,构建了棕榈科多组学综合数据库,相关研究成果在线发表在植物学知名期刊Plant Biotechnology Journal上。

棕榈科物种是热带地区最具特色的植物之一,包括号称世界油王的油棕、号称沙漠面包-生命之树的椰枣、含有生命之水-天然饮料的椰子、具有槟榔碱的槟榔等,它们不仅是重要的油料作物,也是重要的景观和药用植物。

目前,油棕、椰枣、椰子等棕榈科植物基因组被相继破译,并随之产生了大量的组学数据,但该领域的研究还没有整合的生物信息学数据库。罗杰团队联合合作单位在2021年发布了两个高质量椰子基因组,在此基础上,团队对油棕、椰枣、椰子、槟榔、省藤和黄藤六个物种的七个基因组数据、1,631个变异组数据,866个转录组数据及138个代谢组数据进行整合分析,并嵌入了12个常用的生物信息学分析工具,构建了棕榈科首个多组学综合分析平台ArecaceaeMDB (http://arecaceae-gdb.com)。

该平台提供了六个物种多个组织和时期的转录谱和代谢谱的查询,并提供了六个物种基因的注释功能、转录因子、基因家族、同源基因、以及对应水稻和拟南芥同源基因等多种信息的查询,提供了针对特定基因或特定区域的变异信息查询。同时提供了Blast、eFP(基因和代谢物)、Jbrowse、共线性分析、GWAS分析、GO和KEGG富集分析、进化树构建、序列提取等多种常用工具。该平台在未来会持续更新,增加更多的数据及分析工具,致力于为棕榈科基础研究和遗传育种研究提供有力的分析平台。


海南大学三亚南繁研究院、海南省崖州湾种子实验室罗杰教授为论文通讯作者,海南大学博士后杨壮、博士生刘振寰等为论文共同第一作者。本研究得到了海南省崖州湾种子实验室揭榜挂帅项目、海南省科技合作项目等的资助。

相关论文信息:https://doi.org/10.1111/pbi.13945

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